在这个例子中，将比较主成分回归（PCR）和偏最小二乘回归（PLS）在一个小数据集上的表现。目标是展示当目标变量与数据中的某些低方差方向强相关时，PLS如何能够超越PCR。
主成分回归是一种包含两个步骤的回归器：首先，对训练数据应用主成分分析（PCA），可能进行降维；然后，在转换后的样本上训练一个回归器（例如线性回归器）。在PCA中，转换是纯粹的无监督的，这意味着没有使用关于目标变量的信息。因此，PCR可能在某些数据集中表现不佳，其中目标变量与具有低方差的方向强相关。实际上，PCA的降维将数据投影到低维空间，其中投影数据的方差沿着每个轴被贪婪地最大化。尽管它们对目标变量具有最大的预测能力，但具有较低方差的方向将被丢弃，最终的回归器将无法利用它们。
偏最小二乘回归既是转换器又是回归器，它与PCR非常相似：它也在应用线性回归器之前对样本进行降维。与PCR的主要区别在于PLS转换是监督的。因此，正如将在本例中看到的，它不会受到刚刚提到的问题的影响。
首先创建一个具有两个特征的简单数据集。在深入研究PCR和PLS之前，拟合一个PCA估计器来显示这个数据集的两个主成分，即解释数据中最大方差的两个方向。
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
from sklearn.decomposition import PCA
rng = np.random.RandomState(0)
n_samples = 500
cov = [[3, 3], [3, 4]]
X = rng.multivariate_normal(mean=[0, 0], cov=cov, size=n_samples)
pca = PCA(n_components=2)
.fit(X)
plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], alpha=0.3, label="samples")
for i, (comp, var) in enumerate(zip(pca.components_, pca.explained_variance_)):
comp = comp * var # 按其方差解释能力缩放成分
plt.plot([0, comp[0]], [0, comp[1]], label=f"Component {i}", linewidth=5, color=f"C{i+2}")
plt.gca().set(aspect="equal", title="2-dimensional dataset with principal components", xlabel="first feature", ylabel="second feature")
plt.legend()
plt.show()
为了本例的目的，现在定义目标变量y，使其与具有小方差的方向强相关。为此，将X投影到第二个成分上，并添加一些噪声。
y = X.dot(pca.components_[1]) + rng.normal(size=n_samples) / 2
fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(10, 3))
axes[0].scatter(X.dot(pca.components_[0]), y, alpha=0.3)
axes[0].set(xlabel="Projected data onto first PCA component", ylabel="y")
axes[1].scatter(X.dot(pca.components_[1]), y, alpha=0.3)
axes[1].set(xlabel="Projected data onto second PCA component", ylabel="y")
plt.tight_layout()
plt.show()
现在创建两个回归器：PCR和PLS，并为了说明目的，将组件的数量设置为1。在将数据输入PCR的PCA步骤之前，首先对其进行标准化，这是推荐的最佳实践。PLS估计器具有内置的缩放功能。
from sklearn.cross_decomposition import PLSRegression
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.linear_model import LinearRegression
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.pipeline import make_pipeline
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, random_state=rng)
pcr = make_pipeline(StandardScaler(), PCA(n_components=1), LinearRegression())
pcr.fit(X_train, y_train)
pca = pcr.named_steps["pca"] # 检索管道中的PCA步骤
pls = PLSRegression(n_components=1)
pls.fit(X_train, y_train)
fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(10, 3))
axes[0].scatter(pca.transform(X_test), y_test, alpha=0.3, label="ground truth")
axes[0].scatter(pca.transform(X_test), pcr.predict(X_test), alpha=0.3, label="predictions")
axes[0].set(xlabel="Projected data onto first PCA component", ylabel="y", title="PCR / PCA")
axes[0].legend()
axes[1].scatter(pls.transform(X_test), y_test, alpha=0.3, label="ground truth")
axes[1].scatter(pls.transform(X_test), pls.predict(X_test), alpha=0.3, label="predictions")
axes[1].set(xlabel="Projected data onto first PLS component", ylabel="y", title="PLS")
axes[1].legend()
plt.tight_layout()
plt.show()
正如预期的那样，PCR的无监督PCA转换丢弃了第二成分，即具有最低方差的方向，尽管它是最具预测力的方向。这是因为PCA是一个完全无监督的转换，导致投影数据在目标变量上的预测能力较低。
另一方面，PLS回归器能够捕捉到具有最低方差的方向的影响，这得益于其在转换过程中使用目标信息：它能够识别出这个方向实际上是最具预测力的。注意到第一个PLS成分与目标变量呈负相关，这是因为特征向量的符号是任意的。
还打印了两个估计器的R平方分数，这进一步证实了在这种情况下PLS是比PCR更好的选择。负的R平方表示PCR的表现不如一个简单地预测目标变量均值的回归器。
print(f"PCR r-squared {pcr.score(X_test, y_test):.3f}")
print(f"PLS r-squared {pls.score(X_test, y_test):.3f}")
作为最后的评论，注意到具有2个组件的PCR表现得和PLS一样好：这是因为在这种情况下，PCR能够利用第二个成分，它对目标变量具有最大的预测能力。
pca_2 = make_pipeline(PCA(n_components=2), LinearRegression())
pca_2.fit(X_train, y_train)
print(f"PCR r-squared with 2 components {pca_2.score(X_test, y_test):.3f}")