在ASP.NET应用程序中，子应用通常会继承根应用的配置文件（web.config）。这种继承机制在许多情况下非常有用，因为它允许子应用共享根应用的配置设置。然而，当配置文件中包含了特定的程序集、HTTP模块或HTTP处理程序时，这种继承可能会导致问题。例如，当访问2.0子站点时，运行时会尝试加载根web.config中引用的模块、程序集和头部，但这些可能并不存在于子站点的bin目录中，从而导致异常。
为了解决这个问题，可以考虑以下几种方法：
以下步骤假设已经测试了IIS 6，并已配置好1.1版本的Web应用程序，同时在IIS 6.0中创建并配置了2.0版本的子应用。首先，确保2.0应用使用自己的应用程序池。应用程序池的凭据可以与1.1应用相同，但拥有独立的应用程序池非常重要。
假设根（1.1）应用程序的web.config文件包含以下部分：
<httpModules>
<add name="Module1" type="MySuperApp.Modules, MySuperApp.Modules.Module1"/>
</httpModules>
<compilation batch="true" debug="true" defaultLanguage="vb" batchTimeout="30"/>
<assemblies>
<add assembly="MySuperApp.Specialized.Utilis"/>
<add assembly="MySuperApp.SomeOtherStuff"/>
</assemblies>
<httpHandlers>
<add type="MySuperApp.Handlers.BobHandler, MySuperApp.Bob" validate="false" path=".bob" verb="GET"/>
</httpHandlers>
以上引用告诉运行时加载所需的DLL文件。由于web.config文件是“继承下来”的，因此需要在子应用的配置文件中移除这些引用。2.0应用的web.config文件应该包含以下内容：
<compilation debug="true">
<assemblies>
<remove assembly="MySuperApp.Specialized.Utilis"/>
<remove assembly="MySuperApp.SomeOtherStuff"/>
</assemblies>
</compilation>
<httpModules>
<clear/>
<add name="Session" type="System.Web.SessionState.SessionStateModule"/>
</httpModules>
<httpHandlers>
<remove verb="GET" path=".bob"/>
</httpHandlers>
以上所有内容都位于system.web节点内。特别注意httpModules部分，这里使用了Clear而不是显式移除。这样做的目的是，当子应用需要扩展为完整的根（独立）网站时，无需修改配置文件。
虽然这种方法在特定情况下有效，但也有其他人声称它不起作用，作为最后的手段，他们不得不将DLL包含在bin文件夹中。如果还有其他解决方案，请分享。